powikłania hemolityczne: ostra małopłytkowość, anemia hemolityczna, agranulocytoza, pancytopenia.
powikłania ze strony OUN – porażenia nerwów czaszkowych (najczęściej nerwu twarzowego), padaczka, psychozy, zespół Guillaina-Barry’ego, zapalenie mózgu, poprzeczne zapalenie rdzenia kręgowego
rzadko występuje zapalenie mięśnia sercowego, zapalenie trzustki.
utrudnienie oddychania (duszność ze stridorem)
pęknięcie śledziony (rzadko)
zapalenie wątroby
Chorobę inaczej znoszą dzieci, inaczej dorośli. Wraz z wiekiem organizm gorzej radzi sobie z chorobą i dłużej się po niej regeneruje. Mononukleoza upośledza odporność, dlatego chory narażony jest w późniejszym czasie na liczne infekcje oraz wnikanie patogenów (np. gronkowca złocistego)[potrzebne źródło].
Onkogenność EBV
Po przebyciu zakażenia pierwotnego wirus EB zostaje w ustroju w postaci latentnej. Miejscem latencji są limfocyty B, komórki nabłonka jamy ustnej i gardła, migdałki podniebienne. Reaktywacja EBV może prowadzić do monoklonalnej, niekontrolowanej limfoproliferacji. Uważa się, że EBV ma potencjał onkogenny i może mieć związek z ziarnicą złośliwą, chłoniakiem Burkitta[6][7], rakiem migdałków podniebiennych i ślinianek przyusznych oraz chłoniakami ośrodkowego układu nerwowego u chorych z AIDS i biorców przeszczepów.